Брегалница по должина е најголема притока на Вардар. Извира под врвот Ченгино Кале на Малешевските Планини на надморска височина од 1.720 м, а во Вардар се влива меѓу селата Ногаевци и Уљанци, на надморска височина од 137 м. Средниот проток при утоката изнесува 28 м3/с (максимални протоци 640 м3/с, а при минимални коритото е суво). Има вкупна должина од 225 км, сливна површина од 4.307 км2и релативен среден пад од 7‰. По спуштањето од Малешевските Планини каде Брегалница има мошне развиена изворишна челенка, таа најпрво тече низ Беровската Котлина во која има широк тек, доста е мирна но и акумулира значаен флувијален материјал. Кај с. Будинарци широчината на долината достигнува 500-600 м, а од с. Разловци веќе влегува во клисурестиот дел на Разловската Клисура долга 19,1 км. Во клисурата се јавуваат одредени ерозивни проширувања како она кај с. Митрашинци. По Разловската Клисура Брегалница тече низ Делчевско Поле во кое наталожува значајна количина на чакал и песок со што на одредени потези текот се разбива во неколку ракави. Во Пијанец и Малеш е горниот тек на р. Брегалница. Таа тука тече од југ кон север и има меридијански правец на протегање. Од вливот на Очипалска Река па до с. Истибања односно до влезот во Кочанската Котлина и понатаму до вливот во Вардар, Брегалница тече од исток кон запад и има напореднички правец. За ваквото нејзино свртување Б. Милоевиќ ќе напише: “Во текот на палеоген во долината на денешна Брегалница постоеле две удолини, горна, меридијанска и долна, напоредничка” (Милоевиќ, 1941). Подоцна, долната напоредничка долина со регресивна ерозија се соединила со горната меридијанска долина со што почнала да егзистира денешната долина на Брегалница. Тогаш всушност настанало поврзување на отоката на Кочанското Езеро со отоката на Пијанечкото Езеро.
Низ Истибањската Клисура, Брегалница тече во должина од 39 км. Во неа денеска е формирано езерото Калиманци од кое се наводнуваат околу 28.000 ха земјоделски површини во Кочанско и Овче Поле.
Во Кочанската Котлина Брегалница навлегува кај с. Истибања и низ неа тече речиси по средината и ја напушта кај с. Крупиште каде на запад од него изградила кратка сатеска. Низ котлинското дно Брегалница има рамнински карактер со просечен пад од само 1,8‰. Затрупувано со наносите на притоките и пороите коритото е плитко и непостојано поради што често доаѓа до изливање на водата.
Од Штипската Сатеска до вливот во Вардар, Брегалница тече низ млади палеогени и неогени седименти и коритото има меандриски облик. Тоа е пределот Слан Дол.
Во својот тек Брегалница прима 23 притоки подолги од 10 км. Од десната страна дотечуваат 10 притоки со вкупна должина од 241 км, а од левата страна 13 притоки со вкупна должина од 260 км. Долините на сите притоки, за разлика од долината на Брегалница која е полигенетска, се моногенетски. Тие се развиле како притоки на одделни езерски басени, а со истекување на езерото нивните води го продолжуваат својот тек и стануваат притоки на Брегалница. Во планинските предели долините им се длабоки и имаат облик на латинската буква В (В). Со усечувањето во некогашните езерски басени, долините им се проширувале, а долинските страни се намалувале. Денеска главно иамаат симетрични долински страни.
Десни притоки на Брегалница:
Пехчевска Река, Желевица, Габровска Река, Очипалска Река, Луковичка Река, Каменица, Оризарска Река или Масалница, Кочанска Река, Злетовска Река, Светиниколска Река
Леви притоки на Брегалница:
Ратевска Река, Каменица, Будинарска Река, Бигланска Река, Заровец, Осојница, Градешка Река, Зрновска Река, Река Плачковица, Козјак, Сува Река, Отиње, Крива Лакавица
Вештачки езера
Езеро Калиманци, Ратевско Езеро, Езеро Градче, Езеро Мавровица
Најмали дозволени риболовни мерки за видовите значајни од аспект на рекреативен риболов: види на ribar.com.mk
